El Colegio Fernando Baquedano, tiene por misión “Educar en su diversidad a todos los estudiantes, a través de estrategias y metodologías activa participativas, innovadoras y con un fuerte carácter creativo y contextualizado, permitiendo así lograr una educación de calidad, haciendo uso de la tecnología, las artes, las ciencias y el deporte, incorporándolos como parte del quehacer educativo que requiere del compromiso de todos los que conforman la comunidad educativa”.

La Comunidad educativa Fernando Baquedano, "Pretende ser reconocida como una institución comprometida con la formación integral de todos sus estudiantes, con un especial énfasis en generar un ambiente propicio para los aprendizajes que cuente con espacios acogedores, áreas verdes, una mayor expresión artística, cultural, tecnológica y deportiva, proyectándose como un colegio de continuidad que dé respuesta a los nuevos desafíos que plantea la comunidad dando cuenta de una vida saludable junto con lo cognitivo, donde prime el respeto hacia la diversidad y la Inclusión".